GTC On Line News No.497

******** GTC On Line News No.497*******
２００４年　３月３０日
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＝＝＝＝＝　シーケンス受託事業開始のお知らせ　＝＝＝＝＝
　遺伝子実験施設では、平成１６年４月から『シーケンス受託』事業を開始します。当面は学内限定のサービスです。多数の皆様の御利用をお待ちしています。

＜概要＞
　DNAの塩基配列に関する『シーケンス受託』事業です。Ａ・Ｂ２種類のコースがあり、シーケンス反応、電気泳動および解析結果の出力を行います。Ａコースはキャピラリー式シーケンサーを用い、短時間で結果が出ますが割高です。Ｂコースは板ガラス式シーケンサーを用い、低コストでより正確に読めますが、結果が出るまでに時間がかかります。目的に応じてお選び下さい。

＜利用方法およびサービス内容＞
（１）依頼者は、「シーケンス解析申込書」に必要事項を記入し、テンプレートになるプラスミドDNA（Aコース：500ng、Bコース：4μg以上）またはＰＣＲ産物（Aコース：100ng、Bコース：1μg以上）と共に提出して下さい。ＧＴＣのプライマーリスト（シーケンス用）［http://gtc.gtca.kumamoto-u.ac.jp/info/joho/seqprimer.html］に載っていないプライマーを使用する場合は、プライマー（10pmol 以上）も持参して下さい。

（２）Ａコースでは、キャピラリー式シーケンサー［アプライド・バイオシステムズ、ABI PRISM 310］を使用します。ショートキャピラリー（泳動時間約１時間）を使用し、同時に流せるのは１サンプルだけですが、逆に依頼サンプルが１個しかなくても泳動します。また、ABI PRISM 310が３台ありますので、ある程度依頼が多くても結果が出るまでにそれほど日数はかからないと予想されます。反応キットは「Big Dye Terminator Kit v1.1」を使用します。メーカーの推奨に基づき、反応溶液の希釈はしません。

（３）Ｂコースでは、板ガラス式シーケンサー［ファルマシア、DNA シークエンサー ALFexpress ツインシステム］を使用します。１枚のゲルで１０サンプル泳動可能ですが、必ずコントロールサンプルを同時に流しますので、１回の泳動で解析出来るサンプル数は９個です。２枚同時に泳動すれば１８サンプルを解析できます。泳動時間はショートプレートが３時間、ロングプレートが１２時間です。ショートプレートを基本とし、６個以上サンプルが集まったら泳動します。また、逆に依頼が殺到し、解析能力を上回った場合は順番待ちになることを予めご了承下さい。反応キットは、「Thermo Sequenase Cy5 Dye Terminator Sequencing Kit」を使用します。

（４）受託価格は、Ａコース１検体２０００円、Ｂコース１検体１５００円です。利用者負担金として徴収します。コントロールサンプルについてきれいな解析結果が得られ、依頼サンプルについてきれいな解析結果が得られなかった場合は、テンプレートまたはプライマーに問題があったと考えられます。従って、結果が得られなくても１検体としてカウントします。

（５）Ａコースについては、しばらくの間（１週間程度）反応サンプルを保存し、もう一度泳動することが可能です。そこでオプションとして、ショートキャピラリーできれいに読めたサンプルについて依頼があれば、１検体プラス５００円でロングキャピラリーの泳動を行います。

（６）Ｂコースについては、反応サンプルが泳動１回分しか得られません。そこで長く読みたいというリクエストがあれば、オプションとして１検体２０００円でロングプレートを用いた解析を行います。ただし、この場合も６個以上サンプルが集まったら泳動します。

（７）解析結果は、プリントアウトした波形データとデータシートを学内便で送ると同時に、読めた塩基配列情報をメールの本文に転記して送ります。

（８）波形データが必要な場合は、依頼時にＭＯディスク（230M or 640M for Macまたは230M for Win）を提出して下さい。データをコピーしてご返却します。