2015年度　バイオ情報学

熊本大学
生命資源研究・支援センター
バイオ情報分野　准教授
荒木　正健
熊本市中央区本荘２−２−１
Tel : (096) 373-6501, FAX : (096)373-6502
２０１５年　５月１５日

シラバス（授業計画）

授業科目：バイオ情報学、
時間割コード：０３０２５、開講年次：３年、学期：後期、
曜日：水曜日、時限：１限、選択／必修：選択、単位数：２、
教室：パソコン室　（薬学部Ｃ棟２階）

〔授業の形態〕： 演習
〔授業の方法〕：
　前半は様々なデータベースを紹介し、その利用方法を身に付けるためにワークシートを用いて実習する。後半は毎回テーマを決めて、各種データベースを検索し、どういう遺伝子（タンパク質）か調べて、A4サイズ２ページのレポートにまとめる。様式は自由。Office WordまたはPDFファイルの形で保存し、データをメールで提出する。提出前に必ずレポート内容の再チェックを行う。授業時間内にレポート作成が終わらなかった場合は、翌週の月曜日の１９時までにメールで提出する。どうしてもメールが使えない場合は、印刷したプリントを遺伝子実験施設事務室まで持参する。
〔授業の目的〕：
　様々なバイオデータベースについての知識を身に付け、その効率的な利用法を習得する。
〔授業の概要〕：
　前半は様々なデータベースを紹介し、その利用方法を身に付けるためにワークシートを用いて実習する。 後半は毎回テーマを決めて、各種データベースを検索し、どういう遺伝子（タンパク質）か調べて、A4サイズ２ページのレポートにまとめる。Office WordまたはPDFファイルの形で保存し、データをメールで提出する。どのデータベースあるいはサイトから得た情報か分かる様に、情報源を明記する。日本語でも英語でもどちらでも構わない。ミックスしてもOK.
〔到達目標〕：
　様々なバイオデータベースについての知識を身に付け、その効率良い利用法の習得を目標とします。
１）生物情報科学の基礎を知る。
２）ゲノムデータベースの基礎と利用方法を知る。
３）実際にパソコンを操作しながら、様々なバイオデータベースの特徴を知り、有効活用するテクニックを身に付ける。
評価方法・基準：
　前半の講義におけるワークシートの内容（30%）と後半の講義における課題レポートの内容（70%）により評価します。期末試験は行いません。出席が２／３以上の場合のみ評価の対象となります。遅刻は講義開始後２０分までとし、それ以降は出席と認めません。
〔履修条件〕：
　本授業に関連する基礎的な知識を有すること。
〔各回の授業内容〕：
（１）「イントロダクション＆Google」
　講義の概要を紹介し、最強の検索エンジンであるGoogleを使いこなして、あらつるバイオデータベースを検索する方法を学ぶ。
（２）「EGTC & IGTC」
　バイオ情報分野が全世界に公開している可変型遺伝子トラップクローンデータベース（EGTC）を紹介し、併せてInternational Gene Trap Consocium (IGTC)の利用方法も説明する。
（３）「NCBI-BLAST」
　高速で多機能な、塩基配列及びアミノ酸配列類似検索サイトの決定版であるNCBI-BLASTを紹介する。
（４）「UCSC Genome Browser」
　極めて高速な検索（キーワード、配列ともに）、直感的なディスプレイ、使いやすいユーザインタフェースで知られる UCSC Genome Browser を紹介する。
（５）「MGI (Mouse Genome Informatics)」
　マウスゲノム全般に関する複数のデータベースが統合され、膨大な情報量を持つ MGI (Mouse Genome Informatics) を紹介する。
（６）「SHIGEN & NBRP」
　SHIGEN (Shared Information of GENetic Resources)及び NBRP (National BioResource Project) を紹介する。
（７）「課題レポート作成・テーマ１」
（８）「課題レポート作成・テーマ２」
（９）「課題レポート作成・テーマ３」
（１０）「課題レポート作成・テーマ４」
（１１）「課題レポート作成・テーマ５」
（１２）「課題レポート作成・テーマ６」
（１３）「課題レポート作成・テーマ７」
（１４）「課題レポート作成・テーマ８」
（１５）「課題レポート作成・テーマ９」
キーワード：
　データベース、バイオインフォーマティクス、遺伝子改変マウス
テキスト：適宜、プリントを配布します。
参考文献：
・細胞工学別冊『バイオリソース＆データベース活用術』ナショナルバイオリソースプロジェクト情報運営委員会監修、秀潤社、4,600円、2009年7月。
・海底第２版『バイオデータベースとウェブツールの手取り足取り活用術』羊土社、4,410円、2007年10月。 オフィスアワー：配金曜日午後
担当教員への連絡方法：
　内戦６５０１、メールアドレス：marakiあっとgpo.kumamoto-u.ac.jp
担当教員からのメッセージ：
　２０分以上の遅刻は、欠席とみなします。レポートを作成する際に、いつも同じデータベースを利用するのではなく、どんどん新しいデータベースに挑戦して下さい。また、バイオデータベースの多くは英語で書かれていますので、辞書または電子辞書を持参して下さい。

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