DNAシークエンサー

熊本大学・遺伝子実験施設
熊本市本荘２ー２ー１
Tel : (096) 373-6501, FAX : (096)373-6502
１９９７年　４月　２７日　更新

DNA シークエンサー　ALFexpress

設置場所：

機器分析室（502）

品　　名：

DNA シークエンサー ALFexpress ツインシステム
　　ファルマシア社製

性　　能：

シークエンスに必要な費用について：

1. ALFexpress は、１種類の蛍光色素（DyeAmidite-667）を用いて標識を行うため、色素間の補正のない生データを確認できます。
2. 温水循環によるゲルの温度制御が可能であるため、再現性および温度均一性の高い電気泳動が可能であり、泳動時の歪みを抑えることができます。
3. コンピューターによる多処理（マルチタスク操作）が可能であるため、泳動中にも解析ができます。また２台のシークエンサーを各々独立して制御できるため、同時または泳動開始時間に差が生じても時間の無駄がなく、効率の高い実験が可能です。
4. １台に１０サンプル、２台で２０サンプル同時に泳動することが可能です。
5. １時間当たりに決定可能な塩基配列が225baseと多く、300 ベースのシークエンスを80 分（ショートプレート使用）で、700 ベースのシークエンスを 8 時間（スタンダードプレート）で解析することが出来ます。

1. シークエンス反応

   1. シークエンス反応に必要なキット類は、原則として各研究室で購入して下さい。

   2. ただし、初めてシークエンスを行う場合や、将来的にそのキットを継続して使用するかどうか分からない場合は、遺伝子実験施設で購入したキットを使用して下さい。その場合、使用量に応じて、負担金の請求を行います。

   3. キットの定価は以下のとうりです。
      AutoRead, Sequencing Kit (100回分, \51,000)
      AutoCycle, Sequencing Kit (100回分, \51,000)
      dATP Labelling Mix (100回分, 16,000)
      Thermo Sequenase fluorescent labelled primer cycle
      sequencing kit (100回分, \43,000［Amersham］)。

2. 電気泳動及び解析

   1. シークエンサーを用いて電気泳動を行う際に必要なガラスプレートなどの消耗品は、遺伝子実験施設で一括して購入します。利用者の過失が明らかな場合（あまりにひどい場合）以外は、負担金の請求は行いません。ちなみに、ガラスプレートなどの定価は以下のとうりです。

      　　　Thermoplate, standard (1枚、\130,000)
      　　　Glassplate, standard (1枚、\28,000)
      　　　Thermoplate, short (1枚、\130,000)
      　　　Glassplate, short (1枚、\28,000)
      　　　Comb 0.5 mm (1枚、\12,000)
      　　　Spacer 0.5 mm, standard (8枚、\32,000)
      　　　Spacer 0.5 mm, short (8枚、\32,000)

   2. 電気泳動に必要な試薬についても、基本的に、遺伝子実験施設で用意します。しかしながら、将来、光熱費等で運営費が不足した場合は、高額な物について、シークエンス反応に必要なキット類と同様に各講座で購入してもらう可能性もあります。予め御了承下さい。定価を以下に示します。（スタンダードプレートの場合）

      　　　Hydrolink Long Ranger (タカラ、500 ml、\41,715；約56回分)
      　　　0.22 mm ボトルトップフィルター (コーニング、150 ml、
      　　　　　　\1,100；１回分)
      　　　Urea (BRL、2.2kg、\12,600；約75回分)
      　　　0.22 mm ディスクフィルター (ミリポア、マイレクスGPバルク、
      　　　　　　\68,000；250回分)
      　　　Tris (BRL、5kg、\39,000；約200回分)
      　　　Boric Acid (ファルマシア、500g、\3,600；約50回分)
      　　　EDTA (ファルマシア、100g、\2,400；約130回分)

   3. 電気泳動に必要な試薬のコストは泳動条件（ゲル濃度やバッファー濃度）によって変わってきます。b) で示した価格と、現在採用している泳動プロトコールに従って計算すると、スタンダードプレート及びショートプレートを用いた場合の試薬のコストは、ともに一枚あたり約2,000円になります。ショートプレートを用いてもコストが低くならないのは、ショートの場合、泳動時のTBE濃度をスタンダードの２倍に設定しているためです。

　　遺伝子実験施設の設備・機器