研究発表を行った学会；第２８回日本分子生物学会年会
２００５年１２月　７日〜１２月１０日（福岡）
タイトル；可変型遺伝子トラップクローンデータベース
　　　　（EGTC）登録マウスラインの
　　　　トラップ遺伝子の同定とゲノム上へのマッピング
発表者；荒木　喜美　氏
　　　（熊本大学　発生医学研究センター　臓器形成分野）
Abstract；
　遺伝子改変マウスは、個体レベルでの遺伝子機能解析を行うための有力なツールである。遺伝子トラップ法は，トラップベクターをES細胞のゲノムにランダムに挿入、そのトラップESクローンから挿入変異マウスラインを樹立するという手法であるが、我々は、ベクター内の遺伝子置換が可能な、『可変型遺伝子トラップ法』を開発、多くのマウスラインを樹立しており、それらトラップラインのデータベースEGTC; Database for the Exchangeable Gene Trap Clones [ http://egtc.jp/ ]を構築し、2004年８月から全世界に公開している。今回、gene trap sequence-tagのマウスゲノムへのマッピングを中心に、大幅なバージョンアップを行ったので紹介する。
　可変型遺伝子トラップベクターpU-21, pU-21B, およびpU-18は、�bgeoを用いたベクターで、ES細胞で発現している遺伝子をトラップできる。我々は、トラップクローン単離後、まず１コピーのみ挿入されたクローンを選び、キメラマウスを作製、マウスラインが樹立できた系統に関して、トラップされた遺伝子の同定をES細胞のRNAを用い、5'-RACE法を用いて解析、得られた塩基配列をDDBJに登録している。2005年８月現在、５３クローンが登録済みであり、内訳は、既知遺伝子２８、EST１５、新規遺伝子１０であった。これらのgene trap sequence-tagを、UCSC Mouse BLAT Searchにかけ、マウスゲノムへのマッピングを行い、それらのゲノム上の位置を同定、各クローンのページからUCSCブラウザのページにリンクを張った形で公開している。